BMW Motorsport, ve spolupráci s týmem Schnitzer Motorsport, nasadil do ročníku 1999 zbrusu novou zbraň, otevřený spider V12 LMR. Hliníkové šasi s karbonovým monokokem poháněl podélně uložený atmosferický dvanáctiválec o objemu 6,1 litrů, s výkonem 580 koní, se 6-stupňovou sekvenční převodovkou X-Trac. Na trati Le Mans vůz dosahoval rychlosti 342 km/h. Závodní debut si tyto vozy odbyly při 12-hodinovce na Sebringu a byl to debut vítězný.

V Le Mans byla ovšem situace o dost složitější. V konkurenci prototypů s pevnou střechou se nejvíce šancí na vítězství dávalo toyotám GT One, které ovládly kvalifikaci a také továrním Mercedesům CLR. Pro tým BMW vyjela třetí pozici na startu trojice jezdců ve voze číslo 17 (Kristensen, Müller, Lehto) a šestou starovní příčku trojice Pierluigi Martini, Yannick Dalmas a Joachim Winkelhock s vozem číslo 15. Po startu závodu byly v čele podle očekávání toyoty následované mercedesy a BMW.

Dramatická chvíle přišla večer kolem třičtvrtě na devět, kdy se na rovince v plné rychlosti vznesl Mercedes řízený Peterem Dumbreckem. Po této nehodě se tým Mercedes rozhodl ze závodu odstoupit. Kalich hořkosti si do dna musela vypít také Toyota, když nejprve po defektu odstoupil Brundle a později také Boutsen, který svůj vůz zdemoloval o svodidla a musel být vyprošťován zachranáři. V polovině závodu tedy vedlo BMW s číslem 17 před týmovým kolegou s číslem 15 a Toyotou s číslem 3. Havárie se však nevyhnula ani týmu BMW.

Čtyři hodiny před koncem závodu, vinou zaseknutého plynu, skončil ve svodidlech také vedoucí vůz pilotovaný
J. J. Lehtem a ze závodu odstoupil. Oba vozy na čele mezi sebou dělilo o něco víc, než půl okruhu. Ztráta Toyoty se ale rychle zmenšovala. V poslední hodině zajel Katayama nejrychlejší kolo závodu a ztráta se zmenšila pod 25 sekund. Definitivní podobu výsledkové listině pak udělal defekt pneumatiky na Katayamově voze. Zvítězilo BMW s číslem 15, o dvě kola před Toyotou s číslem 3 a Audi s číslem 8. Vítězný vůz se stal předlohou pro model firmy Maisto.